Thời Tần lập ra huyện Đãng Cừ thuộc Ba quận. Từ thời Hán tới thời Minh, vùng đất này thuộc huyện Đông Hương, quận Thông Xuyên, Đạt Châu. Thời Thanh thuộc huyện Thái Bình, phủ Tuy Định. Thời Trung Hoa dân quốc, năm thứ ba (1914), đổi tên thành huyện Vạn Nguyên. Trong giai đoạn từ năm 1933 tới năm 1935, tứ phương diện quân của Hồng quân Trung Quốc thành lập tại đây Xuyên Thiểm cách mạng căn cứ địa, trước sau trong phạm vi huyện này thành lập ba huyện của chính quyền Xô viết là Vạn Nguyên, Hồng Thắng, Thành Khẩu. Tháng 7 năm 1993, hợp nhất huyện Vạn Nguyên với khu công nông Bạch Sa thành huyện cấp thị Vạn Nguyên, trực thuộc địa cấp thị Đạt Châu.